Sua área é dividida em três setores: N.A. (Núcleo de Agricultura), N.Z. (Núcleo de Zootecnia) e S.I.B. (Setor de Indústria e Beneficiamento).
O Núcleo de Agricultura dispõe de moderno pavilhão de salas de aulas, sala de professores e diversos galpões destinados à logística dos projetos agrícolas. Possui um departamento de mecânica com oficina, lavajato, máquinas, tratores e implementos diversos. Possui, ainda, uma área de produção diversificada, com pomares de frutas tropicais e temperadas, estufas para produção de rosas, viveiro de mudas, horticultura convencional e, em formação, uma área de olericultura orgânica.
O Núcleo de Zootecnia contempla projetos de criação de pequenos animais (minhocultura, cunicultura, piscicultura, apicultura, avicultura de corte e postura), criação de animais de porte médio (suinocultura, caprinocultura) e animais de grande porte (bovinocultura de leite e de corte, equinocultura). Possui, ainda, salas de aula, escritórios, laboratório de reprodução de peixes e fábrica de ração.
O Setor de Indústria e Beneficiamento é composto por um moderno laticínio, um abatedouro, câmaras frias, caldeiras, área para beneficiamento de carnes e vegetais, defumadores, salas de aulas, escritório e fábrica de ração.
Ressalta-se que todos os projetos da Fazenda da EAFB têm objetivos didáticos e pedagógicos, e a produção "in natura" ou beneficiada dos diversos produtos é destinada ao Refeitório dos alunos e ao Posto de Vendas, administrado pela Cooperativa-Escola dos alunos.